2 月 1 日，浙江省疾控中心上線自動(dòng)化的全基因組分析平臺(tái)，這一平臺(tái)由浙江省疾控中心聯(lián)合達(dá)摩院和杰毅生物聯(lián)合研發(fā)。
借助阿里達(dá)摩院研發(fā)的AI算法，原來(lái)數(shù)小時(shí)的疑似病例基因分析縮短至半小時(shí)，加上杰毅生物技術(shù)的新型檢測(cè)設(shè)備，大幅縮短疑似患者確診時(shí)間。
達(dá)摩院介紹，這一平臺(tái)還能有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢，并精準(zhǔn)檢測(cè)出可能存在的病毒變異情況，為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)提供支撐。
在抗擊新型冠狀病毒緊要關(guān)頭，這樣的AI突破，對(duì)于有效提升疑似病例確診效率，及時(shí)阻斷病毒的傳播，必然會(huì)有極大助益。
最新數(shù)據(jù)，截至 2 月 1 日 24 時(shí)，國(guó)家衛(wèi)生健康委收到 31 個(gè)省(自治區(qū)、直轄市)和新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)累計(jì)報(bào)告確診病例 14380 例，疑似病例有 19544 例。
快速、精確診斷武漢新型冠狀病毒(2019-nCoV)，對(duì)于疫情傳播控制來(lái)說(shuō)，顯得尤其重要。
目前，全國(guó)大多數(shù)醫(yī)院普遍采用核酸檢測(cè)來(lái)確診患者是否患有新型冠狀病毒肺炎。
雖然背后的方法已經(jīng)相對(duì)成熟完善，但仍舊需要很長(zhǎng)的時(shí)間。
果殼此前發(fā)布的文章對(duì)整個(gè)過(guò)程分析之后稱：從病人樣本送到實(shí)驗(yàn)室即刻開(kāi)始測(cè)試到出檢測(cè)報(bào)告差不多也需要 8 個(gè)小時(shí)。
加上新冠狀病毒傳染性較強(qiáng)，開(kāi)展核酸檢測(cè)對(duì)于實(shí)驗(yàn)室、設(shè)備、人員也都有相應(yīng)要求。
因此，新型冠狀病毒核酸檢測(cè)一開(kāi)始只能在湖北省疾控中心進(jìn)行，而且核酸檢測(cè)試劑盒生產(chǎn)較少，就出現(xiàn)了疑似患者確診困難，得不到及時(shí)救治的狀況。
雖然現(xiàn)在能夠進(jìn)行新冠狀病毒核酸檢測(cè)的醫(yī)院和機(jī)構(gòu)增多，而且核酸檢測(cè)試劑盒產(chǎn)量逐步跟上，疑似患者確診困難狀況得到緩解。
但仍舊是依靠人肉來(lái)推動(dòng)，效率并沒(méi)有得到提高，所以依舊有大量疑似患者存在。
而且，當(dāng)前采用的核酸檢測(cè)方法， 也有不足之處。
根據(jù)各個(gè)機(jī)構(gòu)公布的數(shù)據(jù)，新型冠狀病毒全基因組序列全長(zhǎng)29847bp，是基因組序列最長(zhǎng)的病毒之一。
達(dá)摩院算法專家顧斐博士介紹稱，核酸檢測(cè)方法只能檢測(cè)到病毒基因的局部。
“由于病毒存在變異的可能性，對(duì)于整個(gè)基因序列來(lái)說(shuō)，這種檢測(cè)方法猶如盲人摸象。一旦病毒發(fā)生變異，就可能出現(xiàn)漏檢的情況，”他說(shuō)。
因此，在嚴(yán)峻的抗疫形式面前，仍舊需要一種效率更高的病毒檢測(cè)方法。
浙江省疾控中心上線的全新檢測(cè)平臺(tái)，不僅使用了更先進(jìn)的檢測(cè)儀器，還有達(dá)摩院的算法發(fā)揮作用，而且?guī)?lái)了切實(shí)的效果。
浙江省的自動(dòng)化全基因組檢測(cè)分析平臺(tái)采用的是不同于核酸檢測(cè)方法的全基因組檢測(cè)技術(shù)，是對(duì)疑似病例的病毒樣本進(jìn)行全基因組序列分析比對(duì)。
達(dá)摩院介紹稱，這屬于高通量測(cè)序，可以一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定，使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能。
應(yīng)用在新型冠狀病毒中，可以有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢。雖然能力很強(qiáng)，但它也有缺陷。最直接的不足就是其前處理和數(shù)據(jù)分析都非常費(fèi)時(shí)費(fèi)力。
但在AI算法的加持下，這些問(wèn)題也都得到了克服。
根據(jù)官方信息，這一平臺(tái)主要由浙江省疾控中心、阿里巴巴達(dá)摩院、杰毅生物共同研發(fā)。杰毅生物開(kāi)發(fā)了全自動(dòng)高通量測(cè)序建庫(kù)儀，把整體常規(guī)人工需要 12 小時(shí)的工作縮短到 2 個(gè)小時(shí)。
每次測(cè)序過(guò)程產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)，則交由達(dá)摩院的算法進(jìn)行分析。
顧斐介紹稱，在序列比對(duì)過(guò)程中，他們對(duì)算法增加了分布式設(shè)計(jì)，病毒基因分析的速度由數(shù)小時(shí)縮短到半小時(shí)，從而大幅提高疑似病例的確診速度。
在病毒的拼接階段，他們也采用了分布式設(shè)計(jì)的de Bruijn圖算法，將病毒拼接的速度由 30 分鐘- 1 小時(shí)縮短到15- 30 分鐘。
不僅只有速度的提升，還有質(zhì)量的提高。達(dá)摩院表示，這能夠幫醫(yī)護(hù)人員檢測(cè)到病毒全貌，就算變異的病毒也能精準(zhǔn)檢測(cè)，大幅提升確診效率。
怎么評(píng)價(jià)這一平臺(tái)?目前，這個(gè)平臺(tái)已經(jīng)上線，浙江省疾控中心也給出了評(píng)論。
“這個(gè)平臺(tái)基于阿里云的強(qiáng)大算力與達(dá)摩院新算法可以為病毒的解析提供支撐，”其基因測(cè)序負(fù)責(zé)人孫逸博士說(shuō)：“基于這個(gè)平臺(tái)，未來(lái)還可以在短時(shí)間內(nèi)將檢測(cè)范圍覆蓋整個(gè)確診病例，也為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)打下了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。”
據(jù)介紹，平臺(tái)將會(huì)在全省應(yīng)用。達(dá)摩院也說(shuō)，他們也正在努力與合作伙伴共同將這套系統(tǒng)推廣至全國(guó)。
科技公司如何能夠貢獻(xiàn)一份力量?達(dá)摩院的做法可以作為一個(gè)參考：讓自身技術(shù)能力在抗疫第一線發(fā)揮作用。
并深入到一線，與浙江省疾控中心、杰毅生物共同打造自動(dòng)化全基因組檢測(cè)分析平臺(tái)，于是才有了病毒基因分析速度由數(shù)小時(shí)縮短到半小時(shí)的直接產(chǎn)出。
除此之外，達(dá)摩院的并沒(méi)有就此停下腳步。
所以，雖然疫情突至，誰(shuí)也沒(méi)能預(yù)料。
但現(xiàn)在，技術(shù)的力量正在成為抗擊疫情的新驅(qū)動(dòng)發(fā)動(dòng)機(jī)。
2 月 1 日，浙江省疾控中心上線自動(dòng)化的全基因組分析平臺(tái)，這一平臺(tái)由浙江省疾控中心聯(lián)合達(dá)摩院和杰毅生物聯(lián)合研發(fā)。
借助阿里達(dá)摩院研發(fā)的AI算法，原來(lái)數(shù)小時(shí)的疑似病例基因分析縮短至半小時(shí)，加上杰毅生物技術(shù)的新型檢測(cè)設(shè)備，大幅縮短疑似患者確診時(shí)間。
達(dá)摩院介紹，這一平臺(tái)還能有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢，并精準(zhǔn)檢測(cè)出可能存在的病毒變異情況，為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)提供支撐。
在抗擊新型冠狀病毒緊要關(guān)頭，這樣的AI突破，對(duì)于有效提升疑似病例確診效率，及時(shí)阻斷病毒的傳播，必然會(huì)有極大助益。
最新數(shù)據(jù)，截至 2 月 1 日 24 時(shí)，國(guó)家衛(wèi)生健康委收到 31 個(gè)省(自治區(qū)、直轄市)和新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)累計(jì)報(bào)告確診病例 14380 例，疑似病例有 19544 例。
快速、精確診斷武漢新型冠狀病毒(2019-nCoV)，對(duì)于疫情傳播控制來(lái)說(shuō)，顯得尤其重要。
目前，全國(guó)大多數(shù)醫(yī)院普遍采用核酸檢測(cè)來(lái)確診患者是否患有新型冠狀病毒肺炎。
雖然背后的方法已經(jīng)相對(duì)成熟完善，但仍舊需要很長(zhǎng)的時(shí)間。
果殼此前發(fā)布的文章對(duì)整個(gè)過(guò)程分析之后稱：從病人樣本送到實(shí)驗(yàn)室即刻開(kāi)始測(cè)試到出檢測(cè)報(bào)告差不多也需要 8 個(gè)小時(shí)。
加上新冠狀病毒傳染性較強(qiáng)，開(kāi)展核酸檢測(cè)對(duì)于實(shí)驗(yàn)室、設(shè)備、人員也都有相應(yīng)要求。
因此，新型冠狀病毒核酸檢測(cè)一開(kāi)始只能在湖北省疾控中心進(jìn)行，而且核酸檢測(cè)試劑盒生產(chǎn)較少，就出現(xiàn)了疑似患者確診困難，得不到及時(shí)救治的狀況。
雖然現(xiàn)在能夠進(jìn)行新冠狀病毒核酸檢測(cè)的醫(yī)院和機(jī)構(gòu)增多，而且核酸檢測(cè)試劑盒產(chǎn)量逐步跟上，疑似患者確診困難狀況得到緩解。
但仍舊是依靠人肉來(lái)推動(dòng)，效率并沒(méi)有得到提高，所以依舊有大量疑似患者存在。
而且，當(dāng)前采用的核酸檢測(cè)方法， 也有不足之處。
根據(jù)各個(gè)機(jī)構(gòu)公布的數(shù)據(jù)，新型冠狀病毒全基因組序列全長(zhǎng)29847bp，是基因組序列最長(zhǎng)的病毒之一。
達(dá)摩院算法專家顧斐博士介紹稱，核酸檢測(cè)方法只能檢測(cè)到病毒基因的局部。
“由于病毒存在變異的可能性，對(duì)于整個(gè)基因序列來(lái)說(shuō)，這種檢測(cè)方法猶如盲人摸象。一旦病毒發(fā)生變異，就可能出現(xiàn)漏檢的情況，”他說(shuō)。
因此，在嚴(yán)峻的抗疫形式面前，仍舊需要一種效率更高的病毒檢測(cè)方法。
浙江省疾控中心上線的全新檢測(cè)平臺(tái)，不僅使用了更先進(jìn)的檢測(cè)儀器，還有達(dá)摩院的算法發(fā)揮作用，而且?guī)?lái)了切實(shí)的效果。
浙江省的自動(dòng)化全基因組檢測(cè)分析平臺(tái)采用的是不同于核酸檢測(cè)方法的全基因組檢測(cè)技術(shù)，是對(duì)疑似病例的病毒樣本進(jìn)行全基因組序列分析比對(duì)。
達(dá)摩院介紹稱，這屬于高通量測(cè)序，可以一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定，使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能。
應(yīng)用在新型冠狀病毒中，可以有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢。雖然能力很強(qiáng)，但它也有缺陷。最直接的不足就是其前處理和數(shù)據(jù)分析都非常費(fèi)時(shí)費(fèi)力。
但在AI算法的加持下，這些問(wèn)題也都得到了克服。
根據(jù)官方信息，這一平臺(tái)主要由浙江省疾控中心、阿里巴巴達(dá)摩院、杰毅生物共同研發(fā)。杰毅生物開(kāi)發(fā)了全自動(dòng)高通量測(cè)序建庫(kù)儀，把整體常規(guī)人工需要 12 小時(shí)的工作縮短到 2 個(gè)小時(shí)。
每次測(cè)序過(guò)程產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)，則交由達(dá)摩院的算法進(jìn)行分析。
顧斐介紹稱，在序列比對(duì)過(guò)程中，他們對(duì)算法增加了分布式設(shè)計(jì)，病毒基因分析的速度由數(shù)小時(shí)縮短到半小時(shí)，從而大幅提高疑似病例的確診速度。
在病毒的拼接階段，他們也采用了分布式設(shè)計(jì)的de Bruijn圖算法，將病毒拼接的速度由 30 分鐘- 1 小時(shí)縮短到15- 30 分鐘。
不僅只有速度的提升，還有質(zhì)量的提高。達(dá)摩院表示，這能夠幫醫(yī)護(hù)人員檢測(cè)到病毒全貌，就算變異的病毒也能精準(zhǔn)檢測(cè)，大幅提升確診效率。
怎么評(píng)價(jià)這一平臺(tái)?目前，這個(gè)平臺(tái)已經(jīng)上線，浙江省疾控中心也給出了評(píng)論。
“這個(gè)平臺(tái)基于阿里云的強(qiáng)大算力與達(dá)摩院新算法可以為病毒的解析提供支撐，”其基因測(cè)序負(fù)責(zé)人孫逸博士說(shuō)：“基于這個(gè)平臺(tái)，未來(lái)還可以在短時(shí)間內(nèi)將檢測(cè)范圍覆蓋整個(gè)確診病例，也為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)打下了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。”
據(jù)介紹，平臺(tái)將會(huì)在全省應(yīng)用。達(dá)摩院也說(shuō)，他們也正在努力與合作伙伴共同將這套系統(tǒng)推廣至全國(guó)。
科技公司如何能夠貢獻(xiàn)一份力量?達(dá)摩院的做法可以作為一個(gè)參考：讓自身技術(shù)能力在抗疫第一線發(fā)揮作用。
并深入到一線，與浙江省疾控中心、杰毅生物共同打造自動(dòng)化全基因組檢測(cè)分析平臺(tái)，于是才有了病毒基因分析速度由數(shù)小時(shí)縮短到半小時(shí)的直接產(chǎn)出。
除此之外，達(dá)摩院的并沒(méi)有就此停下腳步。
所以，雖然疫情突至，誰(shuí)也沒(méi)能預(yù)料。
但現(xiàn)在，技術(shù)的力量正在成為抗擊疫情的新驅(qū)動(dòng)發(fā)動(dòng)機(jī)。
